El INECOL cuenta con la infraestructura para el desarrollo de las actividades académicas que dan paso al desarrollo de las investigaciones de los estudiantes. La infraestructura se compone de:

• Laboratorios especializados

• Biblioteca especializada

• Colecciones biológicas de importancia nacional

• Estaciones de campo en costa y desierto

• Salas de videoconferencia

• Aula de cómputo

• Sala de trabajo y descanso para estudiantes

• Vehículos para trabajo de campo

La Secretaría de Posgrado está ubicada en el Edificio E. Esta construcción alberga las oficinas administrativas, salones de clase, sala de videoconferencia, aula de cómputo y sala de trabajo para estudiantes y profesores.

El INECOL además cuenta con una amplia variedad de equipo disponible a los estudiantes para su entrenamiento científico y tecnológico.

Biblioteca

Ubicada en el Edificio B, cuenta con una colección continuamente en crecimiento de libros, revistas científicas, mapas, obras de referencia, etc.

Laboratorios

Análisis Climáticos, Suelos, Fisiología Vegetal,  Microscopía Óptica y de Barrido, Morfometría, Cultivo de Hongos, Procesamiento de Residuos Tecnológicos. Ecología Vegetal, Biología de Suelos, Anatomía e Histología, Sistemática Molecular y Bioacústica.

Colecciones

Las consultas de información se pueden realizar a través de El Herbario-Xiloteca, la Colección Entomológica, la Colección de Hongos, la Colección Nacional de Cícadas y el Jardín Botánico.

Áreas de Conservación

El Instituto de Ecología, A.C. tiene bajo su responsabilidad y manejo cuatro áreas de conservación en el país, con sus propias instalaciones de campo:

• Dos Reservas de la Biósfera "La Michilía" y "Mapimí" en el estado de Durango, que se encuentran legalmente incorporadas a la red mundial de reservas MAB-UNESCO y forman parte del Sistema Nacional de Areas Protegidas (SINAP) coordinadas por la SEMARNAP.

• "La Mancha", un Centro de Investigaciones Costeras localizado en el estado de Veracruz.

• "Santuario del Bosque de Niebla", al suroeste de Xalapa, una reserva suburbana de 30 hectáreas aledaña a las instalaciones del INECOL.